中科院是国务院直属事业单位，在行政级别上与教育部平级！平级的！但是，中科院跟教育部是仇家！！！有一次甚至闹翻主席哪里！中科院包括100多个直属法人事业单位性质的研究所、2所大学（中科大和国科大）、网络中心、情报信息中心、中国科学报社、行政管理局、疗养院、附属公司、共建单位等多家机构。
中科大（全称为中国科学技术大学）和国科大（全称为中国科学院大学）都是中科院下属的大学。中科大成立于1958年。国科大由1978年成立的中科大研究生院发展而来。中科院的各直属法人单位研究所均为独立机构，不属于国科大，也不属于中科大。但由于中科院科教融合的政策，中科院各研究所（院、台、站、中心）等的教育在学籍、学位、管理上与院属的这两所大学融合，招生时在两所大学之一名下报名，学籍由两所大学之一管理、学位由两所大学之一颁发。其中大部分研究所与国科大融合，少部分（金属所、长春应用化学研究所、合肥物质科学研究院、紫金山天文台、南京天文仪器研制中心、南京地质古生物所、苏州纳米所、苏州医工所等）与中科大融合。
中科院即中国科学院的简称。中国科学院是中华人民共和国中央人民政府直属的事业单位。跟教育部一样同国务院管理，均为部长级别的大人物！中国科学院是中国自然科学最高学术机构、科学技术最高咨询机构、自然科学与高技术综合研究发展中心。
1978年3月：经党中央、国务院批准，中国科学技术大学研究生院成立，初期校址位于北京林学院
→1981年5月13日中国科学院党组同意中国科学技术大学研究生院由北京林学院旧址迁至北京市玉泉路19号原中科大北京旧址
→1984年2月13日中国科学技术大学研究生院党委经过充分讨论，决定院址定在北京市玉泉路19号原中国科学技术大学北京旧址
→1996年，为与在合肥的中国科学技术大学研究生院区分，加挂“北京”二字，成为中国科学技术大学研究生院（北京）
→2000年：中科院决定将院属各单位学位授予权收回统一交给由中国科学技术大学研究生院（北京）更名组建后的中国科学院研究生院
→1982年1月8日，师资培训与研究生管理处分开，分别设立师资处和研究生处
→1985年11月15日中国科学技术大学研究生部正名为中国科学技术大学研究生院（合肥）
→1994年7月6日，国家教委发来贺信，祝贺中国科学技术大学研究生院（合肥）建院10周年
→1996年2月，国家教委批准建立中国科学技术大学研究生院，3月研究生院(北京)召开中层干部会，传达国家教委《关于同意中国科大研究生院正式建院》的文件，4月4日中国科学技术大学举行研究生院正式建院挂牌仪式。
虽然国科大在作为中国科学技术大学（北京）研究生院期间有一定独立性，但在中科院及中科大的文件中明确规定研究生院是中科大的一部分。因此，中科大、国科大之间不是兄弟的关系，而是父子关系。中科大是中科院的儿子，国科大的前身是中科大的儿子。
中科院与教育部为平级，中科院和教育部都属于国务院的两个组成部门，中科院院长和教育部部长都是正部级。中科院和教育部的矛盾由来已久。当年中科大还在北京时，就曾经发生过时任中科院院长的郭沫若和时任教育部部长由于办学利益纠葛吵到国家主席那儿的事情。1970年战备疏散，原国务院科教组组长，教育部部长刘西尧等一干人落井下石，直接导致中科大南迁合肥。1977年恢复高考之后，中科大首创少年班和研究生院。要是教育部扶持中科院下的大学那么扶持一个跟清华级别的也能办不到！那么为什么教育部不扶持反而刁难呢？
1. 科大的改革首先招致教育部长何东昌的不满。教育部和中科院向有门户之见。科大为中科院直属院校，教育业务上得听从教育部指导。科大经中科院和安徽省委（科大校址在合肥）同意而试行的校长负责制，何东昌没有点头，学校取消政治辅导员制度以及何东昌提倡的思想品德科目更惹其不满。改革本来就是打破陋规另立新规，但科大的改
2. 因为中科院挑战了教育部最核心的权力，学历认证权，而且还不是循序渐进的蚕食，是一巴掌糊脸上。
教育部的运作模式，本质上就是通过掌握学历认证的权力，影响所有需要学历这个人造资源的人和产业，教育部说要有专科本科硕士博士重点非重点，于是有了专科本科硕士博士，于是有了高考考研保研，于是才有了衡水中学和考研辅导班。相当于一类社会必须的资源的定价和估值全部掌握在了教育部手里，他们小心的控制资源的总量和高级低级品的比例，来确保这个资源价值的透明和市场的稳定。
3. 教育部主管教育，中科院只是科研机构，自己要办大学不算，在招生政策上要完全打破旧体系，开特例。有些过于激进了，加上南科大上来就搞的自主招生，如果听之任之，会有更多的大学开始各行其是，高考体系和研究生招生体系很可能因此瓦解。
4. 至于中科大，是为了两弹一星，是国家领导人鼎力支持的，这就谁也管不了了，小平爷爷的那句“一定要办好科技大学”在近100年无人能推翻。同样近年中科大已经跳出中科院，与科技部耳鬓厮磨，一系列大科学项目更是得到了中央的认可。所以近期无忧。
