中国科学院成立于1949年，集科研院所、学部、教育机构于一体，全院共拥有12个分院、100多家科研院所、130多个国家级重点实验室和工程中心、3所大学（中国科学院大学、中国科学技术大学，上海科技大学（共建）。

　　中国科学院大学是一所以科教融合为办学模式、研究生教育为办学主体的创新型大学，入选国家“世界一流学科建设高校”。2012年6月，学校由中国科学院研究生院更名为中国科学院大学，并于2014年开始招收本科生，形成了覆盖本、硕、博三个层次的高等教育体系。

　　在全国第四轮学科评估中，中国科学院大学的30个学科被评为A类，其中数学、物理学、化学、天文学、地理学等18个一级学科评估为A+。

　　中国科学技术大学，位于安徽省合肥市，由中国科学院、教育部和安徽省三方共建，是中国科学院所属的一所以前沿科学和高新技术为主，兼有医学、特色管理和人文学科的综合性全国重点大学，中央直管副部级建制，位列世界一流大学建设高校、985工程、211工程。

　　在全国第四轮学科评估中，中国科学技术大学有15个学科被评为A类，其中物理学、化学、天文学等7个一级学科评估为A+。

　　上海科技大学，由上海市政府与中国科学院共同举办、共同建设，由上海市政府主管的全日制普通高等学校；是教育部和上海市共建“国家教育综合改革试验区”的试点高校、张江综合性国家科学中心的组成部分。

　　上海科技大学于2013年9月30日经教育部批准同意正式建立。2013年至2016年，学校与中国科学院大学联合招收了4届硕博连读研究生。2014年，开始招收本科生。从2017年起，学校可独立招收、培养硕士和博士研究生。2018年，学校获批成为博士、硕士学位授予单位。

　　上海科技大学没有参与第四轮学科评估，不过，截至2020年7月31日，上海科技大学在Nature和Science上以11篇的发文数与北京大学并列第四名，其实力可见一斑。

　　2016年中国科学院、河南省与加州大学洛杉矶分校商讨共同建设中科院UCLA（河南）大学，是郑州市世界“一流大学”和“一流学科”建设项目之一。功能定位是：依托中国科学院和加州大学洛杉矶分校雄厚的学术、科研、教学资源，推动优质科教资源开放共享及高层次人才培养，争取建成国内一流、世界知名的科技型、网络型高水平中外合作大学。

　　2018年11月16日，深圳市政府与中国科学院签署协议书，合作共建中国科学院深圳理工大学（暂定名)。根据备忘录，双方将依托中科院深圳先进技术研究院合作建设国科大深圳校区，为区域经济社会发展培养“国际化、产业化、复合型”领军人才，并致力于建设世界一流的应用研究型大学。